Verschiedene Stiftungen und Vereine aus ganz unterschiedlichen Fachdisziplinen unterstützen das Museum zu Allerheiligen:

Gotthard und Friedel Jedlicka-Stiftung

Historischer Verein des Kantons Schaffhausen

Kunstverein Schaffhausen

Museumsverein Schaffhausen

Naturforschende Gesellschaft Schaffhausen

Pro Iuliomago

Vereinigung Schaffhauser Kunstfreunde

Sturzenegger-Stiftung

Peyersche Tobias Stimmer-Stiftung