Die Stadt Schaffhausen erbaute das Museum zu Allerheiligen in den Jahren 1921 bis 1938, um den grossen kunst- und kulturhistorischen Sammlungen, die Vereine und Private über Jahrzehnte zusammengetragen hatten, einen Ort der Aufbewahrung und Präsentation zu geben. Das Museum sollte ein umfassendes Bild der Schaffhauser Kultur vermitteln und in diesem Sinne nicht nur ein "Einheitsmuseum", sondern auch ein "vorbildliches Heimatmuseum" sein (der damalige Stadtpräsident Walter Bringolf in der Festschrift zur Eröffnung des Museums 1938). Ein weiteres Ziel bestand darin, die vom Verfall bedrohte ehemalige Klosteranlage Allerheiligen durch deren Integration in den Museumskomplex dauerhaft zu erhalten.

Als wichtiges Vorbild diente das Schweizerische Landesmuseum in Zürich, dem die Stadt Schaffhausen auf regionaler Ebene nacheiferte. Zum Architekten wählte man denn auch zunächst den Erbauer des Landesmuseums Gustav Gull. Enttäuscht von seinen Vorschlägen entschied sich der Stadtrat im Verlauf der Projektierung aber für den Churer Architekten Martin Risch, der nach eigenen Worten "eine rein sachliche Schale für den kostbaren Kern: die Sammlungen" schuf. Anlässlich der Eröffnung äusserte sich der damalige Direktor des Landesmuseums lobend: "Schaffhausen hat durch seine grossartige Leistung ein Beispiel gegeben, das beachtet werden muss."

Das Museum zu Allerheiligen zeigte während der ersten Jahrzehnte Ausstellungen in den Bereichen Archäologie, Geschichte und Kunst, die sich vornehmlich an kunsthandwerklichen Kategorien orientierten und als chronologisch gegliederte Rundgänge angelegt waren. Eine wichtige Erweiterung erfuhr das Museum durch die Integration der naturhistorischen Sammlungen und den Aufbau einer naturkundlichen Dauerausstellung, die das im Krieg zerstörte Naturhistorische Museum ersetzte. Seither veranstaltet das Museum auch regelmässig naturhistorische Sonderausstellungen.

In der jüngeren Vergangenheit gelangten mit der archäologischen Sammlung des Industriellen Marcel Ebnöther herausragende Objekte der europäisch-vorderasiatischen Antike und der präkolumbischen Kulturen an das Museum. Die Sammlung Ebnöther präsentiert sich gemäss dem konzeptuellen Ansatz des Sammlers in der Form einer Gegenüberstellung von "Alter Welt" und "Neuer Welt". Untergebracht ist sie in den hierfür umgebauten Räumen einer ehemaligen Kammgarnspinnerei, die über eine Brücke vom Museumsbau her erschlossen wird.

Bild: Blick in den Innenhof des Museums 1938 (Foto: C. Koch, Schaffhausen)